Bis heute finden Gottesdienste an den Jahrestagen der Geburt und des Martyriums des hl. Johannes von Nepomuk statt. Im Raum unter den Kirchtürmen wurden 14 Schautafeln installiert, auf denen die wichtigsten Ereignisse aus dem Leben des hl. Johannes dargestellt sind.
Die Geschichte der Kirche hängt eng mit den Anfängen der Johannes-Nepomuk-Kultes zusammen. Im Jahr 1641 erschien Fama posthuma, die erste Lebensbeschreibung des Märtyrers von Pomuk. Die Schrift war František Matthias von Sternberg, dem Besitzer der Grünberger Herrschaft gewidmet. Dieser ließ zur selben Zeit an der Stelle des vermutlichen Geburtshauses des hl. Johannes eine Kirche bauen, die Johannes dem Täufer geweiht wurde. Der Kirchenbau dürfte erst 1660 von seiner Witwe Ludmila Kavková von Říčany fertiggestellt worden sein. Beim großen Stadtbrand am 20. August 1686 fiel auch die Kirche den Flammen zum Opfer und wurde vom Sohn des Erbauers, Wenzel Adalbert von Sternberg, wieder aufgebaut.
Nach der Heiligsprechung Johannes Nepomuks im Jahr 1729 genügte wohl der Bau als Wallfahrtskirche des populären böhmischen Heiligen nicht mehr den Ansprüchen. Im Jahr 1732 entschloss sich der Besitzer der Herrschaft Adolf Bernard von Martinic zu einem Umbau. Der Bau dauerte vom 7. Oktober 1734, dem Tag der Grundsteinlegung, bis 22. Oktober 1737. Der Architekt oder vielleicht auch der Baumeister der Kirche war einer Denkschrift zufolge Kilian Ignaz Dientzenhofer. Adolf Bernard von Martinic starb bereits 1735. Der Kirchenbau wurde von seiner Tochter Marie Dominika vollendet, die allerdings nur die Allodialgüter geerbt hatte, insbesondere Grünberg. Das viel umfangreichere Familienfideikommiss war ihrem Onkel František Michal von Martinic zugefallen. Dieser Umstand dürfte die wirtschaftliche Basis für den Bau ziemlich geschwächt haben, was erklären würde, warum sich in der Wallfahrtskirche eines so bedeutenden Barock-Heiligen keine Deckengemälde befinden. Die Doppeltürme entstanden erst 1741, wahrscheinlich aufgrund finanzieller Probleme der Bauherren. Angaben über Baumaßnahmen in den Jahren 1766-1768 und 1767-70 dürften darauf hindeuten, dass die ursprünglichen Türme bei dem Brand der Stadt 1746 beträchtlich beschädigt worden waren.
In den Jahren 1878-79 wurde die Kirche nach Plänen von Antonin Baum und Friedrich Münzberger saniert. Neben den üblichen Instandhaltungsarbeiten setzte man die beiden Kuppeln, die beim Brand 1835 zerstört worden waren, wieder auf die Türme und veränderte die Inneneinrichtung. Der ursprüngliche, den Raum sicher sehr dominierende Nepomuk-Altar, mit Baldachin und versilberter Statue des Heiligen, der sich in der Mitte der Kirche befunden hatte, wurde entfernt. Seinen Platz nahm ein neuer kleinerer Altar ein. Auch der Hauptaltar Johannes d. Täufers wurde durch einen neuen im Neorenaissance-Stil ersetzt. Die anderen Altäre und die Kanzel restaurierte man. Neue Fußböden wurden gelegt sowie der Windfang aus Holz und neue Fenster eingebaut. Weitere Instandsetzungsarbeiten, bes. Verputz und Anstrich der Fassade und des Interieurs erfolgten – nun bereits unter Aufsicht des Denkmalamts – in den Jahren 1928 und 1992-93.
